Un groupe de recherche a réussi à identifier des patients atteints de la maladie de Crohn (MC) uniquement sur la base d'échantillons de selles. Avec une sensibilité de 80 % et une spécificité de 89 à 94 %, les scientifiques ont pu distinguer les patients atteints de la maladie de Crohn des témoins sains, des patients souffrant de colite ulcéreuse (CU), du syndrome du côlon irritable (SCI) et d'anorexie nerveuse (AN). Les éléments suivants se sont avérés utiles pour le diagnostic.
Les auteurs partent du principe que leur méthode non invasive peut permettre de diagnostiquer la maladie de Crohn si aucune caractéristique spécifique de la maladie ne peut ou n'a été détectée aux premiers stades. En raison de la fiabilité tout aussi élevée des échantillons de selles provenant de quatre pays européens, les chercheurs supposent que leur méthode est indépendante des caractéristiques géographiques de la flore intestinale.
La contradiction des anciennes études
Le point de départ de l'étude a été la recherche d'une attribution claire des dysbioses aux maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI), à la maladie de Crohn (MC) et à la colite ulcéreuse (CU). Les scientifiques ont d'abord analysé des échantillons de selles de 178 volontaires (dont des témoins sains et non apparentés [HC] : 40, des patients atteints de la maladie coeliaque : 34, Pat atteint de la leucémie lymphoïde chronique : 33 ; des témoins sains apparentés [HR] : 36 pour les patients atteints de la maladie coeliaque, 35 pour les patients atteints de la leucémie lymphoïde chronique). Par la suite, l'étude a été répétée sur une population comparable en Belgique pour vérifier les résultats et a ensuite été étendue à un total de 2 045 participants d'Espagne, de Belgique, de Grande-Bretagne et d'Allemagne (HC : 1247, CD : 339, UC : 158, IBS : 202, AN : 99).
Pour différencier les genres microbiens présents dans les échantillons, les chercheurs ont utilisé le séquençage de l'ARNr 16S de l'ARN ribosomique. L'analyse statistique des 115 millions de séquences d'acides aminés obtenues au total a utilisé la métrique UniFrac pour exprimer les différences entre les flores intestinales rencontrées sous la forme d'une distance biologique.
La flore intestinale pour identifier les patients atteints de la maladie de Crohn
L'évaluation des échantillons de selles a donné les résultats suivants :
- Sur la base de la distribution de fréquence de huit genres dans la flore intestinale, une méthode a été mise au point pour identifier les patients atteints de la maladie de Crohn et les distinguer des patients atteints de RCH.
- Les témoins sains apparentés et non apparentés avaient des microbiomes comparables, à l'exception du genre Collinsiella, qui était plus fréquent chez les parents des patients atteints de DEC.
- Les patients atteints de MC et de RCH présentaient des différences significatives par rapport aux deux groupes de contrôle en ce qui concerne leur microbiome (p = 0,001).
- Les patients atteints de la maladie coeliaque ont montré une plus grande instabilité de leur flore intestinale que les patients atteints de la RCH
- Les patients atteints de la MC, mais pas ceux atteints de la RCH, ont montré une diversité alpha réduite de leur microbiome par rapport aux deux groupes de contrôle.
- Ni chez les patients atteints de la MC ni chez ceux atteints de la RCH, les rechutes n'ont entraîné une modification significative de la flore intestinale par rapport aux patients qui sont restés en rémission.
- Aucun biomarqueur n'a été identifié qui pourrait indiquer une flambée imminente de la maladie.
- Le microbiome chez les patients atteints de la MC semble être caractérisé par une perte de germes utiles (Faecalibacterium, Christensenellaceae, Methanobrevibacter, Oscillospira) plutôt que par une augmentation de germes pathogènes (Fusobacterium, Escherichia).
- Une corrélation du microbiome avec le comportement tabagique actuel ou passé des patients atteints de TED n'a pas pu être prouvée.
- La calprotéine fécale était significativement élevée chez les patients atteints de MC par rapport aux témoins sains, mais ne permettait pas de différencier la RCH de la MC.
- Les streptocoques dans le microbiome se sont révélés être un marqueur d'un risque postopératoire accru de rechute chez les patients atteints de la maladie cœliaque.